Pierwsza wzmianka o Papowie w źródłach pisanych pochodzi z tzw. dokumentu łowickiego z 05.08.1222 r. Mówi on o nadanich księcia Konrada Mazowieckiego oraz biskupa płockiego Giedka dla biskupa Chrystiana w ziemi chełmińskiej. Na tym terenie znane były już dwie osady o tej nazwie, więc trudno jednoznacznie wskazać o którą chodzi. Miejscowość później występowała pod nazwami: 1222 Papouo, 1284 Papowe, 1326 Popow, 1327 Papav, Papaw, 1554 Pfaffendorf. Krzyżacy tworząc gęstą sieć komturstw na jedną z osad wybrali Papowo. Siedziba komturstwa utworzonego zapewne już pod koniec lat 70-tych, mieściła się w zbudowanym na wzgórzu przez Krzyżaków zamku. Pierwsza wzmianka o komturze papowskim Aleksandrze pochodzi z 1284 r. Przyjmuje się, że w tym czasie rozpoczęła się budowa zamku, którą zakończono na początku XIV w. W granicach komturstwa znajdowały się następujące miejscowości: Bartlewo, Chrapice, Dorposz, Dubielno, Dziemiony, Falęcin, Folgowo, Głuchowo, Grzegorz, Jeleniec, Kijewo, Kończewice, Kowalewiec, Nawra, Obrąb, Pluskowęsy, Podel, Staw, Trzebcz, Tytlewo, Wichorze, Windak, Witków, Wrocławki i Zegartowice. Papowo jako siedziba komturstwa była do bitwy grunwaldzkiej w 1410 r., wtedy zginął komtur papowski Wilhelm von Rosenberg. Później komturstwem zawiadywał wójt z Lipienka. Ok. 1416 r. powołano do istnienia prokuratorstwo papowskie. Pierwszy z 1425 r. znany z imienia prokurator to Johan Spiegel. Prokuratorstwo w Papowie trwało do do 1454 r. kiedy to wybuchła wojna 13-letnia. II pokój toruński z 1466 r. przywrócił Papowo i okoliczne miejscowości do dóbr królewskich. Włościami zawiadywał starosta. Papowskimi starostami byli m.in.: 1458-1474 Gabriel Bażyński, 1476 Jan Bażyński, 1502 Bartłomiej Trostha, 1503 Franciszek Esken.
W 1505 r. król Polski Aleksander Jagiellończyk nadał Papowo z przyległymi wsiami biskupowi chełmińskiemu Mikołajowi Chrapickiemu jako dobra stołowe. Charakter gospodarczy ośrodka jaki tworzyło Papowo w ramach własności biskupiej tworzyło tzw. klucz papowski. W jego skład wchodziły następujące miejscowości: Chrapice, Dubielno, Dziemiony, Folgowo, Nowy Dwór Królewski, Papowo Biskupie, Staw, Trzebcz Królewski, Zegartowice. Zamek krzyżacki zniszczony podczas wojny 13-letniej popadł w ruinę. Później nigdy nie był odbudowany ani odrestaurowany. Kamienie z zamkowych murów służyły jako budulec m.in. do budowy seminarium duchownego. Pierwszy rozbiór Polski z 1772 r. przyniósł likwidację dawnego klucza papowskiego, Pruski rząd skonfiskował wszystkie kościelne okoliczne majątki. W Papowie i okolicznych wsiach nie gasnął patriotyzm, powstania narodowe uzyskiwały wsparcie w okolicznej ludności. Opierano się germanizacji, na tym polu znana jest działalność chociażby ks. Józefa Poeplaua. Po odzyskaniu niepodległości Papowo Biskupie znalazło się w granicach województwa pomorskiego ze stolicą w Toruniu. Obecnie gmina Papowo Biskupie wchodzi w skład powiatu chełmińskiego w woj. kujawsko-pomorskim. W 1928 r. w Papowie Biskupim swoją działalność rozpoczęła Ochotnicza Straż Pożarna.
W Papowie Biskupim urodził się Julian Prejs (1820-1905), wybitny drukarz i tłumacz. Również w Papowie Biskupim w 1934 r. na świat przyszła piesenkarka Irena Santor.