Pierwsza wzmianka o miejscowości pochodzi z 1341 wówczas nosiła nazwę Dubel, Tubelle. Później 1570 Dubelno, 1910 Dubeln. W średniowieczu wieś należała do komturstwa, a następnie do prokuratorstwa papowskiego. W 1505 r. miejscowość należała do dóbr stołowych biskupów chełmińskich. W 1757 r. właścicielem wsi był Florian Elzanowski. W 1772 r. wieś przeszła do pruskich domen królewskich. Pierwszy spis ludności pochodzi z 1773. Wieś liczyła wtedy 151 mieszkańców. Wśród nich byli m.in.: sołtys Paul Kuckella, rolnicy: Jakub Wiśniewski, Wojtek Jaworski, Michał Łukaszewski, będący jednocześnie karczmarzem, oraz robotnicy folwarczni: Andrzej Czumielski i Tomasz Pawlikowski. W okresie międzywojennym właścicielem majątku dworskiego był Ferdynand Butzmann, który w 1936 r. wybudował pałac. Właścicielem maj±tku w Dubielnie był Leon Czarliński (1835-1918), znany polityk, prawnik i działacz narodowy. Na terenie wsi znajdował się niegdyś cmentarz ewangelicki, obecnie jest to szkolne boisko sportowe.